质谱仪的扫描模式有全扫描、选择离子扫描、子离子扫描、母离子扫描、中性碎片丢失扫描和多反应扫描等。

一、全扫描（Full Scan）：

        扫描的质量范围覆盖被测化合物的分子离子和碎片离子的质量，得到的是化合物的全谱，可以进行谱库检索。

        一般用于未知化合物定性分析。

二、选择离子扫描（SIM）：

        不是连续扫描某一质量范围，而是跳跃式地扫描某几个选定的质量，得到的不是化合物的全谱。

        主要用于化合物检测和复杂混合物中杂质的定量分析。

三、子离子扫描（Product Scan）：

        *个质量分析器固定扫描电压，选择某一质量的母离子进入碰撞室，与碰撞室内的碰撞气体发生碰撞诱导裂解，第二个质量分析器进行全扫描，得到的所有碎片离子都是由选定的母离子产生的子离子。

        主要用于化合物结构分析。

四、母离子扫描（Precursor Scan）：

        *个质量分析器选择母离子进入碰撞室，与碰撞室内的碰撞气体发生碰撞诱导裂解，第二个质量分析器固定扫描电压，只选择某一特征离子质量扫描，该特征离子是由所选择的母离子产生的，由此得到所有能产生该子离子的母离子质谱。

        主要用于同系物分析。

五、中性碎片丢失扫描（Neutral Loss）：

        *个质量分析器选择所有离子进入碰撞室，与碰撞室内的碰撞气体发生碰撞诱导裂解，第二个质量分析器以与*个质量分析器固定质量差联动扫描，检测丢失该固定质量中性碎片的离子对，得到中性碎片质谱。即*个质量分析器扫描产生中性丢失的母离子，第二个质量分析器扫描丢失了指定中性碎片的子离子。

        主要用于中性碎片分析。

六、多反应扫描（MRM）：

        *个质量分析器选择一个或多个特征离子进入碰撞室，与碰撞室内的碰撞气体发生碰撞诱导裂解，第二个质量分析器进行选择离子扫描，只有符合特定条件的离子才能被检测到。专属性更强，信噪比更高。

        主要用于化合物定量分析。